Fruto de su actividad, en INQUINOSA se generaban una serie de residuos que debían desecharse: entre 1975 y 1983 se hacía en el vertedero de Sardas y desde 1984 hasta 1992 en el de Bailín, que se habilitó a tal efecto. Entre 1988 y 1992 INQUINOSA comenzó a importar lindano y a elabora formulaciones comerciales. En 1994 la fábrica cierra y cae en
estado de abandono. 

Actualmente, no hay datos fiables sobre la producción de INQUINOSA, pero se estima que se generaron alrededor de 7.000 toneladas de residuos sólidos al año y entre 300 y 500 toneladas de residuos líquidos.

El mayor volumen de residuos generados lo constituyen los isómeros alfa, beta, delta y épsilon del HCH, también lodos de depuración, embalajes, excedentes de producción de lindano, etc. Las colas de destilación y los restos de reacciones fallidas eran los residuos líquidos más habituales.

En la actualidad, INQUINOSA sigue siendo una ruina industrial con restos de residuos tóxicos en su interior que, posiblemente, han afectado a los suelos y estructuras de la fábrica, obligando a la adopción de las medidas correctoras necesarias para la eliminación de esta contaminación difusa.