De todos los contaminantes que albergó este vertedero, destaca la presencia de la fase libre densa (DNAPL), una sustancia líquida más densa que el agua y a la vez insoluble en ésta. La fase libre tiende por lo tanto a descender bajo el nivel freático cuando se produce un vertido en cantidades significativas, deteniéndose únicamente cuando alcanza un lecho impermeable.  En el emplazamiento de Bailín,  la fase densa ha percolado por las fracturas de las rocas, circulando por las de mayor amplitud e impregnándolas a su paso. Su densidad, su presencia en un sistema fracturado, y la profundidad a la que se encuentra, hace que localizar y extraer este componente sea muy complicado.

La orografía y la composición del terreno también han influido en el problema. El emplazamiento de Bailín se compone de una alternancia de capas subverticales de conglomerados, areniscas, limolitas y lutitas en proporción variable. Las areniscas y los conglomerados conforman las litologías que resaltan en el paisaje formando barras o murallas. Las limolitas y lutitas conforman las zonas deprimidas entre las mencionadas barras.

Tanto areniscas como limolitas se encuentran fracturadas, siendo la fracturación mucho más destacable en las areniscas. El flujo agua subterránea circula preferentemente a través de las capas de arenisca, teniendo mayor entidad el flujo longitudinal (hacia el río Gállego), que el transversal (hacia el barranco de Bailín). La denominada «capa M» de arenisca es la única con continuidad desde el antiguo vertedero hasta el río Gállego. Las restantes capas de arenisca se acuñan antes de llegar al río.